คณะประมง ความสัมพันธ์และหรือ MoU กับองค์กรต่างๆดังต่อไปนี้

ในประเทศ

หน่วยงาน

• กรมประมงกับคณะประมงมีความสัมพันธ์ตลอดมา เช่น ในช่วงก่อตั้งคณะ คณาอาจารย์ที่ทำการสอนที่คณะประมงเป็นผู้เชี่ยวชาญจากกรมประมง และบัณฑิตคณะประมงแต่ละรุ่น สามารถสอบเข้ารับราชการในกรมประมงได้อย่างต่อเนื่อง นอกจากนี้ คณะและกรมได้ร่วมกันจัดสัมมนา อบรม ในเรื่องสำคัญต่างๆเป็นประจำ เช่น การก่อตั้งทบวงประมง กรมประมงทะเล เป็นต้น
  
• กองทัพเรือ DSI สถาบันนิติวิทยาศาสตร์ กระทรวงเกษตรฯ กระทรวงทรัพย์ฯ ร่วมกันเป็นคณะทำงานสำรวจตู้คอนเทนเนอร์ใต้ทะเล อ่าวแสมสาร อ.สัตหีบ[10]
• องค์การสะพานปลา(องค์การมหาชน) ได้ให้การสนับสนุน โอกาสและทุนการศึกษากับบุตรธิดาผู้ประกอบอาชีพชาวประมง
  
• สำนักงานพัฒนาเศรษฐกิจจากฐานชีวภาพ(องค์การมหาชน)
• สภาผู้ส่งสินค้าทางเรือแห่งประเทศไทย

สถาบันการศึกษา

• คณะเกษตรศาสตร์ มหาวิทยาลัยขอนแก่น
• คณะเทคโนโลยีการประมงและทรัพยากรทางน้ำ มหาวิทยาลัยแม่โจ้
• คณะวิศวกรรมศาสตร์ มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าธนบุรี

ต่างประเทศ

นานาชาติ

• Southeast Asian Fisheries Development Center (SEAFDEC)
• Network of Aquaculture in Asia-Pacific (NACA)

เอเชียบูรพา

• Japan International Research Center for Agricultural Sciences (JIRCAS)
• Tokyo University of Marine Science and Technology, Japan
• Faculty of Fisheries, Kagoshima University, Japan
• Faculty of Fisheries Sciences, Graduate School of Fisheries Sciences, Hokkaido University, Japan
• Faculty of Agriculture, Graduate School of Bioresource and Bioenvironmental Sciences, School of Agriculture,Kyushu University, Japan
• The College of Environmental and Marine Science and Technology, Pukyong National University, South Korea
• South China Agriculture University, China
• The College of Fisheries and Life Science, Shanghai Ocean University, China

เอเชียอาคเนย์

• Faculty of Fisheries and Marine Sciences Diponegoro University, Semarang, Indonesia
• Faculty of Fisheries and Marine Science, Haluoleo University, Anduonohu Kendari, Indonesia
• Faculty of Agrotechnology and Food Science, Universiti Malaysia Terengganu, Malaysia
• College of Aquaculture and Fisheries, Can Tho University, Vietnam

โอเชียเนีย

• University of the Sunshine Coast, Australia

อเมริกา

• Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuaria (EMBRAPA), Brazil